Hola
Para eliminar de un cierto proyecto java todas las carpetas .svn de cada una de las subcarpetas que componen el proyecto lo más útil es lanzar un comando unix:
1) Nos movemos a la raíz del proyecto
2) Lanzamos el comando:
find -type d -name '.svn' -exec rm -rfv {} \;
Para eliminar del mismo proyecto los ficheros de cierto tipo. por ejemplo .project el comando es:
find . -type f -name "*.project" -delete
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